Gumblar対策を施した、FTPクライアントが、二種類公開されました。
一つは、ExpLzh。
もう一つは、FFFTP。

どちらも、AES暗号化とマスターパスワードの利用で、レジストリや設定ファイルからのログイン情報の盗難を避けると言う方法をとっています。

注意が必要なのは、FFFTP。
FFFTPは、Gumblarという攻撃手段に対しては、今回の改版で、対処されましたが、FFFTP自体が、そもそも、暗号化通信に対応していないため、別口の、「通信の傍受」による被害は、避けられません。

この脆弱性に対抗するには、暗号化通信に対応したFTPクライアントに乗り換えるのが、唯一の方法。
では、有りません。
詳細は、後述します。

暗号化通信に対応したFTPクライアントで、Gumblar対策も行われているのは、僕が知る限り、ExpLzhだけです。
しかし、ExpLzhは、あくまでも、アーカイバにしか過ぎません。
書庫の中の一部のファイルのみをアップロードしたい、ってな場合には、非常に便利ですが、Webサイト管理のために、常用するには、インターフェースがしょぼいので、全く向いていません。

暗号化通信に対応した、他のFTPクライアントは、僕が知る限り、FFFTPやExpLzhの様な対策を取った物は、有りません。

最近、人気の高まってきた、FileZillaも、1/10にリリースされた物が最新。

では、どうするのか？
ホスティング会社が提供している、ファイルマネージャを使うってのも、一つの方法。
但し、これも、サイト管理に使うには、かなり不便。
また、全てのホスティングサービスにある物ではない上に、
有っても、SSHに対応してないと、余り意味がない。

もう一つの方法は、
FFFTPをTeraTermと組み合わせて使う、って方法です。
この二つを組み合わせれば、ログイン情報の送信が、暗号化されます。
但し、ファイル転送は、暗号化されません。
暗号化されるのは、ログイン情報のみです。

で、どうすればいいのか？
ですが、すいませんが、具体的な方法は、次回にします。
というのは、vanjacが、この設定をしたのは、はるか以前で、方法があると言うことは、おぼえていますが、やり方を、さっぱり忘れてしまったためです。
お急ぎの方は、検索すれば、解説しているサイトが見つかるので、そちらを参考になさって下さい。

以下、参考記事
窓の杜 – 【NEWS】ウイルス感染したPCにおける保存パスワードの窃取問題へ対策した「FFFTP」v1.97

.FTP アカウントを盗む、マルウェア（Gamblar）への対策について(公式サイト)